在复发性自然流产患者中，原因比较复杂。大量的临床研究发现，遗传因素在复发性自然流产中占有一定的比例。临床对流产胚胎作核型分析发现，患者中有染色体异常的发生率，明显大于反复流产夫妇染色体异常率，而且夫妇自身因素及环境因素均可导致胚胎染色体异常。比较常见的染色体异常，如非整倍体、多倍体、染色体异位、倒位以及性染色体异常等，均可造成胚胎发育异常而流产。

　　现代医学研究证实，很多抗原如组织相容性抗原(HLA)、滋养细胞抗原、血型抗原以及抗磷脂抗体、抗精子抗体、抗核抗体、抗甲状腺抗体、抗胰岛素抗体、封闭抗体等均与自然流产关系密切。女性的全部生殖过程中，如卵子的发生与发育、受精，孕卵的植入，胚胎的发育与胎儿的分娩等，在胎儿与母亲之间存在着极其复杂的免疫学问题，当免疫功能异常时则出现自然流产。

　　HLA与自然流产的关系。组织相容性抗原是一类存在于细胞表面并可引起强烈排斥发应的抗原,对孕妇而言，胚胎是半自己半异己的免疫移植物,因而组织HLA在关系到胚胎存活的免疫反应中具有重要的意义。组织相容性抗原可分为A、B、C、D和DR等多种，当发生母体免疫系统排斥胎儿的反应时，则可导致自然流产。

　　血型抗原系统与自然流产的关系。在ABO血型不合夫妻中，约1/5发生流产，其机制是因胎盘屏障上有裂隙或某些缺陷，使胎儿红细胞有机会经胎盘进入母体，使母亲致敏而产生相应抗体，抗体又穿过胎盘干扰胎儿的器官形成和胚胎发育导致流产,当Rh血型不同时，若丈夫为Rh+(阳性)，妻子为Rh-(阴性)时，Rh+(阳性)的胎儿红细胞可经胎盘进入母体而产生抗体，该抗体自进入胎儿体内使胎儿受损而流产。