人体的免疫系统是一个极为复杂的系统，在维持机体的稳态和健康方面起着重要的作用。免疫系统主要有三大功能，即抵御外来的致病微生物侵袭，清除自身衰老死亡的细胞以及识别并清除突变的细胞，因而是维持机体内环境稳定的必不可少的生理性防御机制。
 

　　当免疫系统防御功能发生异常，则会导致一系列免疫病理过程，如感染、免疫缺陷、自身免疫性疾病以及肿瘤等的发生，也可能导致生殖过程的障碍。一般自身组织不成为抗原，但在有些情况下也会产生抗体，如感染，经血倒流，烧灼或药物作用等，能使组织细胞中的蛋白质发生质的变性而成为自身抗原，这种物质一旦进入血循环，刺激机体则可产生免疫反应。

　　抗子宫内膜抗体就属于自身抗体，在正常育龄妇女中也可以检测到，但在不孕症人群中，特别是患有子宫内膜异位症的妇女中更多见。正常机体具有自身免疫调节功能，产生极弱的自身抗体，帮助清除体内衰老变性的自身成分，一旦由于某种原因导致免疫系统对自身组织产生过度免疫应答，则会发生过强的一系列免疫反应，致使所侵及的组织免疫活性细胞增多，免疫复合物沉积，而导致功能改变。

　　当这种抗子宫内膜抗体由于反复刺激而大量产生达到一定的含量时，可与自身的子宫内膜组织发生抗原抗体结合反应，并激活免疫系统引起损伤性效应，造成子宫内膜组织细胞生化代谢及生理功能的损害，干扰和妨碍精卵结合及受精卵的着床和胚囊的发育而导致不孕或流产。但是，这种免疫不孕是相对概念，是指免疫使生育力降低，暂时导致不孕。不孕状态能否持续取决于免疫力与生育力间的相互作用，若免疫力强于生育力，则不孕发生，如后者强于前者则妊娠发生。不孕常有多种因素同时存在，免疫因素也可作为不孕的唯一原因或与其他病因并存。